El 1936 ingressa a Estat Català (EC), esdevé president del Casal d’EC al Districte VIII de Barcelona, vinculat al teixit associatiu del seu barri, és un veterà de l’Orfeó Gracienc on és molt conegut per participar en les seves activitats. L’11/03/1937 és elegit membre del comitè central d’Estat Català, responsable de l’àrea de propaganda. El 27/02/1938 passa a formar part del Consell Executiu se li encomana la tasca de premsa i propaganda.
Persona d’una notable capacitat analítica i formació política, hàbil articulista, durant la guerra publica al Diari de Barcelona, portaveu d’Estat Català, que el 03/08/1937 canvia la capçalera i passa a dir-se Diari de Catalunya, i al setmanari Estat Català (EC) de Reus, que amb una tirada de 600 exemplars fou una de les publicacions comarcals d’EC més importants, s’edità regularment des del 27/07/1937, fins a finals del 1938. En un article de J. Casamitjana, que duu per títol: La consigna és la revolució, publicat a EC de Reus el 20/03/1937 hi escriu: «lluitant per l’ideal de la llibertat humana lluitem per un sentiment de llibertat nacional de Catalunya. La bandera estelada és la consigna de la revolució. Qui ens comprengui que ens segueixi. Per la República de Treballadors Catalans, que serà la fornal de l’ideal. Avant!» De l’article en podem destacar dos elements, a).- la voluntat de catalanitzar el procés revolucionari aleshores hegemonitzat per la CNT-FAI, qui potser teoritzà més sobre aquest tema fou Manuel Cruells i Joan Sales, que creuen que cal intervenir en el procés revolucionari des d’una anàlisi de la realitat nacional catalana i del nou model de societat que es vol construir. b).- el caràcter de la nova societat per la qual es lluita, la que es voldria després de la independència: República de Treballadors Catalans.
El Diari de Barcelona del 12/01/1937 fa una ressenya d’un míting d’EC a Sarrià, hi participaren Joan Layret, Vicenç Borrell i Joaquim Casamitjana, aquest darrer en el seu parlament diu: «Volem que la revolució sigui feta pensant en Catalunya, actuant en català i que tot porti el segell de Catalunya»
Al SOM, portaveu de les Joventuts del Partit Estat Català, número 6, del juny del 1937, J. Casamitjana escriu un article que surt a la portada amb el títol: El CADCI. El baluard del sindicalisme català que viu una nova ofensiva d’assimilació. L’article fa referència a l’absorció del CADCI (Centre Autonomista de Dependents del Comerç i de la Indústria) per la UGT, aleshores sota el control del PSUC. Casamitjana escriu: «Amb la seva actuació fermament social el CADCI ha demostrat com el lluitar per les llibertats socials, no és cap destorb per a poder lluitar per les llibertats nacionals dels catalans. Els braus defensors del CADCI J. Compte, M. G. Alba i A. Bardina, aquests tres herois de la nostra Catalunya entenien que sense la llibertat nacional de Catalunya, no era possible la llibertat social, per damunt de tot eren essencialment nacionalistes.» Trenta anys abans que el PSAN teoritzés sobre el binomi del doble alliberament nacional i de classe, que després farà seu l’Esquerra Independentista, J. Casamitjana, un militant d’EC, s’avança en la formulació com a resultat de l’anàlisi i la reflexió de la realitat del seu entorn.
Desconeixem a quin front de guerra és destinat. Després de l’ocupació del Principat travessa la frontera. És internat al Camp de Bram, el 06/05/1939. Aprofitant un permís de tres dies concedit per anar a Perpinyà a l’enterrament de la muller d’un internat, ells dos no tornen al Camp.
A Montalban es reuneix amb amics d’EC, Pere Llussà, Joan Bertran i Deu i d’altres. Marcel·lí Perelló serà el responsable del grup d’EC que el 17/06/1939 inicià la publicació d’un setmanari mecanografiat Butlletí d’Estat Català, que aparegué regularment fins a 06/05/1940. Aquest grup es decantà pel lideratge de Joan Cornudella dins del partit, en la pugna que s’havia establert amb el nucli d’Orleans que defensaven a l’antic secretari general Vicenç Borrell, les diferències no són tant de línia política con d’incompatibilitats personals. El 16/06/1939 el sector majoritari dins del Consell Executiu, capitanejat per M. Perelló, J. Casamitjana, A. Andreu i Ll. Serres, P. Llussà, destitueixen V. Borrell acusant-lo d’inactivitat. Així EC quedarà dividit entre dos sectors, els Borrellistes i els Cornudellistes, aquests darrers s’acabaran imposant i seran hegemònics dins del partit. El 04/05/1940 un mes abans que París fos ocupat per la Wehrmacht, signaran un acord de col·laboració amb Daniel Cardona en representació de Nosaltres Sols!, dos anys després l’organització pren el nom de Front Nacional de Catalunya (FNC).
En esclatar la 2a guerra mundial, ell i d’altres companys entren a treballar en una foneria d’alumini instal·lada a Montbartier. Hi treballen poc temps a causa de la feixuguesa de la feina, passen a treballar a la Societat Hidromecànica de Bievres a Tolosa de Llenguadoc, la fàbrica construeix maquinària per a produir cartutxos de metralladora.
En Casamitjana entrà a formar part del réseau Maurice que es creà el 01/02/1943. Era una xarxa d’informació militar i d’evasió de militars i especialistes, sobretot aviadors que havien estat abatuts en territori ocupat i que després de passar la frontera pels Pirineus eren enviats a Algèria, o a Londres via Lisboa o Gibraltar. La xarxa tenia nou branques o subxarxes, la Maurice I dels Pirineus Orientals abastava des de Marsella fins a la frontera catalana, era dirigida per Manuel Valls de Gomis, amb base a Perpinyà, era coneguda com la Louis Brun en homenatge al President Lluís Companys. La xarxa Maurice aconseguí de passar pels Pirineus catalans, 329 francesos, oficials, sotsoficials, especialistes militars i centenars de polonesos, així com 350 aviadors aliats, 50 dels primers passaren amb la xarxa Louis Brun. Al llarg de la seva activitat la xarxa tingué 20 baixes entre morts i deportats.
A finals del 1943, Joaquim Casamitjana és detingut per la Gestapo a Tolosa de Llenguadoc, per la seva tasca com a resistent a la xarxa Maurice. És assassinat poques hores després de la seva detenció, sembla que la delació d’un català exiliat facilità la detenció.
