Era fill d'una família rica i tenia 10 germans. Estudià medicina i filosofia i lletres a la Universitat filipina de Santo Tomas, es llicencià en medicina a la Universitat Complutense de Madrid, i es doctorà a la Universitat de París i de Heidelberg. Sabia parlar en 10 idiomes. Traduí la poesia de Schiller al seu idioma nadiu el tagàlog. En el seu assaig "La indolència del filipí" Rizal va dir que tres segles de govern espanyol no va fer gaire pel desenvolupament de les Filipines i que més aviat hi va haver una regressió. Va escriure poesia i les seves novel·les Noli Me Tangere i El filibusterismo van ser unes de les primeres novel·les sobre rebel·lió colonial. Va fundar la Liga Filipina que després va donar lloc al moviment polític Katipunan.
El 1849, el governador general de les Filipines Narcís Claveria va decretar que els nadius filipins i les famílies immigrants havien d'adoptar cognoms espanyols, dels que hi havia en una llista. La família d'origen xinès que es deia Lam-co va canviar el seu cognom pel de "Mercado" (mercat), probablement per voler indicar els seus orígens mercaders. El pare de Rizal adoptà originalment "Ricial" (camps verds) escrit posteriorment com Rizal
José també tenia, a més de les seves arrels filipines indígenes, avantpassats espanyols i japonesos.
Rizal tornà a Manila el 1892, advocà per reformes socials moderades a les Filipines però el governador de Filipines va dissoldre la seva Liga Filipina i el va declarar enemic de l'Estat espanyol per la publicació de les seves novel·les. El juliol de 1892 Rizal va ser deportat per rebel a Dapitan a la província de Zamboanga a Mindanao.Allà José Rizal va desenvolupar l'agricultura especialment el conreu de la fibra de la planta abacà.
Cap a l'any 1896 hi va haver la rebel·lió fomentada per la societat secreta Katipunan, de la qual Rizal n'era crític per considerar que no estava prou armada ni tenia prou suport dels filipins rics. Rizal va ser arrestat quan anava a Cuba, empresonat a Barcelona i portat a judici a Manila, va ser acusat d'estar implicat en la revolució. Quan estava empresonat va escriure un manifest repudiant la revolució i declarant que l'educació dels filipins i el seu afany per aconseguir una identitat nacional era un requisit previ a la llibertat. Un consell de guerra el va jutjar i condemnar a mort per rebel·lió, sedició i conspiració.
A la matinada del 30 de decembre de 1896 va assistir a una missa amb Josephine Braecken, una jove belga que havia decidit acompanyar-lo durant el temps que havia durat el seu desterrament, i amb la qual va contreure matrimoni. Abans de la seva execució, va demanar que no se li embenessin els ulls i que li afusellessin de front; la primera demanda se li va concedir, però se li va negar la segona, per considerar-lo un traïdor. Amb tot, abans dels trets Rizal es va girar cap a l'escamot d'execusió; queia així, mostrant convicció en la seva pròpia rectitud.Va ser enterrat secretament amb una làpida sense identificació al cementiri Paco de Manila.
L'execusió de Rizal es va produir quan el general Camilo Polavieja feia un mes que era capità general de Filipines. Pocs anys més tard, durant una visita del general Camilo Polavieja a Girona, es van distribuir fulls volants entre la multitud amb els darrers versos de Rizal i el seu retrat (cal tenir en compte que a finals del segle XIX al Castell de Sant Ferran de Figueres varen morir diversos independentistes cubans i filipins quan hi complien condemna).
