A Quito es produí la primera proclamació d'una junta sobirana d'Amèrica contra les autoritats espanyoles: el 10 d'agost de 1809 s'empresonà al president de l'Audiència i es nomenà una Junta Soberana. Aquesta junta no aconseguí, però, el suport de les altres ciutats importants de l'Audiència, Guayaquil i Cuenca, on les autoritats controlaren la situació. Els virreis de Perú i Nova Granada enviaren tropes des de Lima i Bogotà i la junta, sense possibilitats, optà per dissoldre's. Les autoritats espanyoles iniciaren una repressió considerable que culminà en una confusa revolta pels carrers de Quito i la matança dels patriotes empresonats, el 2 d'agost de 1810.
Poc després arribà a la capital Carlos Montúfar amb algunes tropes, en nom del Consell de Regència espanyol, i aconseguí formar una nova Junta que governà en nom de Ferran VII, però que novament tenia una clara orientació emancipadora. La junta fou presidida primer pel propi Montúfar i després pel bisbe José Cuero y Caicedo i s'escollí un congrés que redactà el Pacto Solemne de Sociedad y Unión entre las Provincias que forman el Estado de Quito. La proclamació d'aquest nou "estat" es produí el 31 de desembre de 1811. Mentrestant, Montúfar amb un petit exèrcit aconseguia unir a la causa quitenya diverses poblacions de la zona andina equatoriana. El virrei del Perú envià forces considerables sota les ordres del general Toribio Montes que, després de diversos enfrontaments, aconseguí entrar a Quito el 8 de novembre de 1812. A finals d'any les autoritats espanyoles tornaven a tenir el control de tot el país.
Cal fer notar que els protagonistes del procés emancipador, com passarà arreu d'Amèrica, foren les classes acomodades criolles, que en cap moment van intentar una «revolució social» sinó més aviat fer passar el domini social i econòmic exercit pels espanyols cap a l'aristocràcia criolla. En definitiva, del què es tractava era de substituir la posició dominant a nivell polític, social i econòmic dels espanyols per la dels criolls. Curiosament, però, una bona part del fonament ideològic procedeix de les classes mitjanes (recordi's les idees precursores d'Eugenio Espejo). Per aquesta raó, en un primer moment la majoria del poble fou més aviat indiferent a una lluita que consideraven exclusiva dels privilegiats. Només quan els emancipadors es pogueren presentar com a màrtirs de l'opressió espanyola i quan aconseguiren «vendre» el projecte independentista com a necessari per a tot el país, les masses populars començaren a fer-los costat.
Després dels fets de 1812, l'Audiència de Quito restà en calma, mentre a Veneçuela i Colòmbia Simón Bolívar, Antonio Nariño i altres aconseguien unificar precàriament les tendències emancipadores i consolidar els nous estats independents. En aquesta situació, el 9 d'octubre de 1820 un grup de notables de Guayaquil proclamaren el trencament absolut amb Espanya, sota el lideratge de José Joaquín de Olmedo, i crearen una Junta Suprema de govern. Aquest aixecament fou seguit per d'altres a Cuenca, Portocristi, Esmeraldas i altres ciutats.
Malgrat tot, la situació militar dels guayaquilenys era precària i Simón Bolívar, assabentat de les circumstàncies, decidí enviar un dels seus millors generals, Antonio José de Sucre, a reforçar aquest nou front. Després de diversos enfrontaments, Sucre aconseguí forçar el pas cap a les muntanyes i aproximar-se a Quito. Finalment, el 24 de maig de 1822 tingué lloc la batalla del Pichincha, on els exèrcits reialistes foren clarament derrotats i quedà segellada la independència dels territoris de l'antiga Reial Audiència de Quito.
