En general la contaminació per partícules es considera especialment perillosa però, en el cas de la tèrmica, la seva perillositat seria més alta a causa de la seva pròpia naturalesa química (tindrien, per exemple, furans i dioxines, substàncies altament tòxiques i cancerígenes). A l’estudi de l’IQS es considera poc creïble l’eficàcia del filtre electrostàtic per eliminar partícules que es dedueix de les dades tècniques i que s’estima en un 96-97%, molt per sota del 99,96% que impliquen les dades aportades pel projecte. Aquesta diferència d’eficàcia suposa multiplicar per 75 o més l’emissió de partícules.
Un altre problema ambiental al qual fa referència l’estudi és el de la pluja àcida. Les emissions d’òxids de sofre (SO2) i òxids de nitrogen (NOx) que emetria la central tèrmica reaccionarien amb l’aigua dels núvols i formarien àcid sulfúric i àcid nítric, provocant així, al precipitar, pluja àcida. Pel que sembla, el projecte de central tèrmica infravalora el problema i es creu que en els dies amb males condicions meteorològiques (bàsicament dies amb boires) es podrien formar precipitacions àcides que afectarien amb facilitat a una àrea d’uns 300 km2. Aquestes pluges àcides, que "cremen" les fulles de les plantes, danyarien previsiblement els espais naturals de l’entorn, així com els camps de conreu de les poblacions veïnes.
Pel que fa als residus, l’IQS considera que les cendres que es formaran, entre altres raons per la presumible presència de furans i dioxines, s’hauran de considerar com a residus perillosos i en el projecte no està clar sota quines condicions seran gestionats i emmagatzemats. Respecte aquesta qüestió, la Plataforma "Salvem lo Territori" ressalta la incongruència que basa el projecte. Se suposa que es pretén "reciclar" i "revalorar" els residus d’escombrera, amb finalitats suposadament ambientals, i el resultat de l’activitat serà la conversió de carboni sòlid (carbó) en un gas d’efecte hivernacle, el CO2, l’ emissió de gasos contaminants que perjudiquen la salut i l’entorn natural, i el canviar runams per importants dipòsits de cendres tòxiques.
Per últim, es ressalta que l’IQS considera que el sistema escollit per generar electricitat és poc eficient, en comparació amb altres sistemes, sobretot per les seves altes emissions de CO2, i que la tramitació que ha seguit el projecte suggereix que hi ha hagut nombrosos defectes. Entre d’altres defectes es cita la manca d’un estudi de la qualitat preoperacional de l’aire, tesi que sempre han defensat els opositors a la central tèrmica, i que no s’acompanyés a l’inici de la tramitació, com és preceptiu, del Certificat de Compatibilitat Urbanística de l’ajuntament de Mequinensa (es va fer 17 mesos després).
