El 30 d'abril de 1924 el Governador Civil de Barcelona fa canviar l'escut del C.E. Júpier per ser "una clara disimulación de la bandera separatista catalana". Tal com s'explica a la web del club:

"L´emblema del Júpiter és un escut rodó amb una estrella de cinc puntes blava a dalt i a sota les quatre barres, que recordava molt al d´Estat Català. Aquesta semblança va ser el motiu pel qual el 30 d´abril de 1924 l´escut del Júpiter fou denunciat pel Jutge Instructor Cristóbal Fernández, al Governador Civil de la Província, "por una clara disimulación de la bandera separatista catalana". El govern de la dictadura de Primo de Rivera va decidir prohibir l´emblema i llavors l´entitat adoptà un nou escut triangular amb els colors gris-grana i la corona de la Ciutat Comtal a sobre.

No obstant, amb l´adveniment de la República, a l´inici de la temporada 1931-32 es tornà a implantar l´escut prohibit. Per commemorar aquest fet, el president de la Generalitat Francesc Macià va assistir al camp del Júpiter el 25 de setembre de 1931. Aquell dia se celebrava un partit del Campionat de Catalunya de Primera Categoria entre el Júpiter i el Palafrugell i Macià va rebre una insígnia d´or reproducció de l´escut perseguit durant la dictadura.

Però la repressió va tornar a caure sobre el Júpiter en acabar la Guerra Civil. El règim dels vencedors va considerar que el club era separatista i republicà, i l´acusava de col·laborar amb “els rojos”. Aquestes acusacions van derivar en una nova prohibició de l´escut i amb l´obligació de canviar el nom de C.E.Júpiter pel de C.D. Hércules. L´any 1940, però, es va retornar el nom de C.E. Júpiter. Però l´escut quatribarrat i estelat no tornà al club fins 50 anys més tard quan, amb motiu d´una assemblea de socis del Club s´acordà retornar l´escut original. Així, des del 2 de setembre de 1990 i fins l´actualitat l´escut de l´entitat torna a ser el mateix que va veure néixer el Club Esportiu Júpiter."