Els precedents més propers al sindicalisme independentista català caldria situar-los en el sindicat de dependents, el anomenats saltataulells, associats a principis del segle passat a través al CADCI, amb molts vincles amb el catalanisme i el nacionalisme radical.
Abans, el sindicalisme català es va moure en un marc de referències estatal-internacionalista, sense propostes programàtiques sobre l'alliberament nacional. No en va, el sindicalisme i l'associacionisme obrer a l'Estat espanyol té els seus orígens en territori català: la revolta obrera i luddista d'Alcoi (1821), l'Associació de Teixidors de Barcelona (1840) i l'Ateneu Català de la Classe Obrera (1861), la primera vaga general a l'Estat, convocada a Barcelona (1855), o el 1870 Primer congrés obrer i fundació a Barcelona de la Federació Regional (de la regió espanyola) de l'Associació Internacional dels Treballadors (AIT).
Els sindicalisme català de la primera meitat del segle XX segueix els camins de la bifurcació dels dos corrents de la Internacional, el col·lectivista i llibertari, que reagrupa l'anarcosindicalisme amb la creació a Barcelona de la CNT (1910), i el d'arrel marxista de la UGT, nascuda també a Barcelona el 1888. A banda, existiren un conjunt d'associacions de treballadors no adscrites a aquests dos grans grups, bé en l'òrbita del sindicalisme cristià, gremial, corporativistes o de l'àmbit agrícola, com fou el cas de la Unió de Rabassaires, que si bé no recollien l'alliberament nacional al seu programa es tractava d'un sindical plenament i estrictament nacional.
Les conseqüències de la Guerra dels Tres anys i l'ocupació feixista implicaren, entre altres tantes coses, la prohibició i persecució dels sindicats democràtics, la confiscació dels béns materials de les organitzacions de treballadors i la repressió de totes les expressions de l'associació obrera: afusellaments, presó, multes, atur, exili. Durant les dècades de dictadura s'imposà el Sindicato Vertical, sindicat únic i obligatori del règim.
En el marc de la dictadura franquista neix Solidaritat d'Obrers de Catalunya (SOC) el 1961, que enquadra persones destacades del nacionalisme radical i del catalanisme democratacristià, provinent precisament del també clandestí Solidaritat d'Obrers Cristians de Catalunya (1958). El SOC tingué una notable activitat en la clandestina fins el 1971, quan es divideix en dos camins: el més esquerrà i provinent de la HOAC, i els de trajectòria més històrica, vinculats a Unió Democràtica o que van seguir la via del socialisme nacional de Josep Pallach.
El SOC continuà existint i reconegut internacional com a membre de la Confederació Mundial del Treball (CMT), amb una modesta implantació en diferents ciutats del Principat i amb 12 federacions de branca: aigua, gas i electricitat; arts gràfiques; banca; caixes; comerç; ensenyament; hostaleria; indústries químiques; metall; oficines i despatxos; sanitat; i tèxtil. En el sector de les caixes d'estalvi el SOC va convertir-se en el sindicat majoritari arran de les primeres eleccions sindicals, i com a tal va ser al davant de la negociació del conveni col·lectiu del sector.
El 1980 el SOC es va unir a altres sindicats de branca, com el Sindicat d'Estalvi de Catalunya. I va absorbir alguns nuclis de sindicalistes de diverses procedències. Fruit d'aquesta confluència va néixer el 1980 la Confederació Sindical de Treballadors de Catalunya (CSTC), amb el SOC i els Col·lectius de Treballadors (CCTT) entre altres. Quan el 1983 el SOC va desaparèixer formalment, la CSTC va ocupar tot aquest espai sindical.
Com a sindicat pròpiament independentista i amb el marc de Països Catalans, procedent de les files del SOC, sorgeixen el 1976 els Col·lectiu d'Obrers en Lluita (COLL), molt vinculats al PSAN-Provisional i que propugnen l'assemblearisme sindical i rebutgen els Pactes de la Moncloa. Van comptar amb la contribució de Jordi Arquer, històric membre del CADCI i dirigent del Bloc Obrer i Camperol als anys trenta.
Quan el SOC va ser legalitzat el 1977 va patir una nova escissió, el Col·lectius de Treballadors (CCTT), impulsada pel PSAN oficial i amb la major part d'afiliats provinents de les CCOO clandestines. El 1980 el CCTT participà en la fundació de la Confederació Sindical de Treballadors de Catalunya (CSTC), de la qual, després de diferents recorreguts, en van acabar sorgint els dos sindicats independentistes actuals: la Intersindical-CSC i la Coordinadora Obrera Sindical (COS).
Les sigles de la Intersindical-CSC provenen de la Confederació Sindical Catalana (CSC), nascuda el 1985 fruit de la confluència de la Confederació Sindical de Treballadors de Catalunya (CSTC), l'històric SOC i els CCTT, on també hi confluirà el Sindicat de Quadres de Catalunya el 1987, unió sindical de la qual fou Secretari General Jordi Fayos i López els any 1987-1988. Una experiència d'unió de curta volada, ja que en poc més d'un any patí una crisi i una escissió que donaria lloc a la Coordinadora Obrera Sindical (COS), situada en l'òrbita del PSAN i del sector del Front Patriòtic.
El 1990 es va portar a terme una refundació de la CSC amb un congrés, i el 1993 va ampliar el nom del sindicat tal i com el coneixem actualment: Intersindical-CSC, amb l'adhesió d'altres petits sindicats de branca i empresa que avui conformen l'actual I-CSC, amb un model organitzatiu confederal, i que fou liderat per Miquel Porter i Moix. En el II Congrés confederal de la I-CSC, celebrat el 1998, es va posar de manifest una renovació generacional del sindicat i un enfortiment dels seus principis ideològic.
Isabel Pallarès i Roqué passà a ser la Secretària General durant els anys 1998 i 2013, fet que la va convertir en la primera dona a Catalunya que ha dirigit un sindicat de classe. Des del 2013 Carles Sastre Benlliure va ser el Secretari General del sindicat fins el 2020, anys decisius per al creixement i implantació de la Intersindical-CSC, i anys en què el sindicat va jugar un paper fonamental en les mobilitzacions i en l'expansió de la consciència independentista: especialment després de la la vaga general del 8-N de 2017, tot i l'encalç judicial dut a terme per part de patronal. Poc després, el 2019, el sindicat independentista va conèixer un augment de número de delegats en sectors com l'administració, educació o sanitat, i es va convertir en la primera força a l'administració del Principat. I va augmentar l'afiliació de mig miler abans del 2017 a 6000 en l'actualitat, i de 200 delegats sindicals ha passat a 1100.
Provinent del sindicalisme clandestí ha esdevingut una de les principals organitzacions sindicals a les administracions públiques del Principat i la primera a la de la Generalitat de Catalunya, la tercera a l'Ensenyament públic, i és la primera força en ajuntaments com Girona o Tarragona, amb una important implantació a la banca i a la indústria de diverses comarques.
El 2020 la secretaria general va passar a mans de Sergi Perelló. Després que Carles Sastre fos escollit novament Secretari General al Congrés de 2018, el sindicat segueix els eixos programàtics i les reivindicacions forjades durant les dues dècades anteriors de creixement: el seu paper de referent sindical de l'independentisme català, amb aliances puntuals amb organitzacions i entitats com l'ANC; l'aliança amb les principals forces sindicals basques i gallegues i la promoció del grup de sindicats de nacions sense Estat de la Federació Sindical Mundial (FSM); els seus compromisos internacionals i solidaris; la reivindicació del marc propi de relacions laborals, o el seguit de mesures fonamentals per garantir el benestar de la classe treballadora, com la reducció de la jornada laborals amb el mateix sou, un salari mínim de 1300 EUR, una renda bàsica universal; o el català a feina coma llengua vehicular en el marc d’un model productiu sostenible i diversificat amb un sistema de protecció social on els serveis públics i les pensions dignes siguin la pedra angular.