L'11 d'agost de 2007 van trobar el seu cadàver en aquest bosc del Ripollès, on va voler passar els seus últims dies amb "la meva soledat i el meu silenci". Aquesta voluntat, la declarava un escrit que deixà al seu despatx, en el qual recordava també haver viscut 75 anys en uns Països Catalans ocupats i recriminava als líders polítics catalans llur "covardia" en matèria de nacionalisme. Encara que alguns mitjans van donar per fet que s'havia suïcidat, l'autòpsia revelà que Xirinacs s'havia deixat morir per inanició, en un acte de sobirania pròpia.
El dia 16 d'agost de 2007 es van celebrar els funerals en memòria seva a l'església de Santa Maria del Mar, a Barcelona, i en acabar fou homenatjat al fossar de les Moreres, el lloc on cinc anys abans havia fet el parlament que el va portar per darrer cop a la presó.