Amb la implantació de la dictadura de Primo de Rivera i els ferms propòsits d'enfrontar-se al catalanisme, Puig i Cadafalch va decidir marxar a la Catalunya Nord (Prada i Monestir de Cuixà) el 24 de desembre de 1923 per continuar els seus estudis del romànic, deixant al capdavant de la Mancomunitat al vicepresident Santiago Estapé i Pagès. El gener de 1924 el governador militar de Catalunya, general Lossada, va fer ús dels poders que li donava el nou règim per imposar com a nou president de la Mancomunitat Alfons Sala i Argemí, fins que la institució va ser dissolta definitivament el 20 de març de 1925. Durant la dictadura, el general Primo de Rivera va procurar desfer sistemàticament l'obra política i cultural de la Mancomunitat, que havia donat de nou modernitat i identitat al país.

Anys més tard, Puig va exposar el seu punt de vista sobre aquest període a Josep Pla:

« ..la situació dels darrers anys de la Mancomunitat és inseparable de la situació social de Barcelona creada per manca d'autoritat. La gent s'entrematava pels carrers... La vida de la Mancomunitat anava prenent l'aire irrisori que agafen les coses quan l'ordre públic elemental no és assegurat. Sense aquest ordre, la cultura no té cap interès. Nosaltres creguérem que el capità general resoldria el fenomen, i l'ajudàrem. A Madrid, el rei considerà que una mica de dictadura li resoldria les molèsties de la vida dels partits i les incidències parlamentaries. El capità general cregué que havia d'emprendre aquest camí. La Mancomunitat fou destituïda. Ens equivocàrem. »

Amb la instauració de la República, Puig i Cadafalch va intentar tornar als cercles de poder com a membre de la direcció de la Lliga, però amb poca capacitat d'influència en les decisions.