Dies abans, el 13 de febrer de 1808, l'exèrcit francès dirigit pel general Duhesme entrà a Barcelona, teòricament com a aliat. En aquesta situació el capità general, comte de Santa Clara (en el càrrec des del 1802), prengué diverses mesures per evitar incidents per part de la població. Però el 29 de febrer, mentre les tropes franceses feien aparentment exercicis davant la Ciutadella de Barcelona, s'hi introduïren i s'apoderaren de la fortalesa per sorpresa.
Els fets de Madrid del maig de 1808 iniciaren el conflicte armat contra els francesos: quan l'1 de juny s'insurgí el Principat contra els francesos, Barcelona es convertí en una ciutat ocupada. Molts ciutadans, especialment els benestants, emigraren cap a la zona controlada per la Junta Superior que s'havia format per combatre els invasors. Començà per a Barcelona un calvari de sis anys; destituït el darrer capità general, comte d'Ezpeleta, fugits el bisbe, Pau de Sitjar, i la major part dels regidors de l'ajuntament, les autoritats franceses començaren a reformar l'administració. Alguns aspectes positius (supressió de la inquisició, utilització oficial de la llengua catalana, al costat de la francesa i la castellana) no feren gens d'efecte sobre la població que fugia a incorporar-se a l'exèrcit de la Junta Superior o tractava de passar l'ocupació especulant amb queviures o conspirant contra l'invasor.
Les autoritats franceses disposaren de la col·laboració d'alguns personatges col.laboracionistes locals, com Ramon Casanova, primer cap de la policia creada pels francesos, o els estrangers convertits en autoritats, com el sinistre Lechi, causant de l'assassinat del ric banquer jueu Canton i rapinyador dels béns de la ciutat. El setge que les tropes de la Junta pogueren organitzar el desembre de 1808, exacerbà la crueltat de les autoritats franceses, fins aleshores més permissives. Les tropes del general francès Saint-Cyr trencaren el setge i consolidaren el domini francès a Barcelona. Saint-Cyr exigí el jurament de fidelitat a Josep I Bonaparte (abril de 1809) i instal·là el primer mere barceloní, el col·laboracionista Antoni de Ferrater.
Pel maig d'aquest any fou descoberta una conjura contra les autoritats franceses (l'anomenada conspiració de l'Ascensió) que aquestes castigaren amb gran severitat: foren executats dos sacerdots (els pares Pou i Gallifa), un sergent, un corredor de canvis i un funcionari (Navarro, Aulet i Maçana); un monument a la placeta de Garriga Bachs de Barcelona commemora la seva mort.