El 18 de setembre del 1714 Moragues s'acollí a la capitulació de la fortalesa de Cardona i es va tornar a retirar amb la seva família a les seves possessions de Sort. Al cap de poc fou reclamat pel capità general a Barcelona, on se li requisà la documentació i se li posà vigilància. Tement un arrest per conspiració, intentà embarcar-se cap a Mallorca, que encara estava lliure de l'ocupació borbònica. Amagat a Montjuïc fou traït quan intentava fugir i pres a Barcelona el 22 de març de 1715. El general Moragues i els capitans Jaume Roca i Pau Macip van ser executats de manera infamant el 27 de març del 1715. Al general Moragues no se li reconegueren els honors militars, i descalç i amb camisa de penitent, fou arrossegat viu pels carrers de Barcelona per un cavall fins a arribar al patíbul, on fou executat, decapitat i esquarterat, per tal de complir la triple condemna de mort que rebé. El cap del general Moragues, com a escarni, fou posat en una gàbia de ferro que es va penjar al Portal de Mar. Malgrat les súpliques de la seva vídua, el cap no es va retirar del Portal de Mar fins al cap de dotze anys (març del 1727).
A causa de la seva tràgica mort, el general Josep Moragues és recordat com un dels més importants defensors de la causa catalana a la Guerra de successió. Això fa que molts l'hagin considerat com a heroi i màrtir de Catalunya. Fill Il·lustre de Sant Hilari Sacalm, el 1991 s'erigí l'actual monument que es pot veure a la plaça de Josep Moragues, obra de l'escultor Domènec Fita. També a Sort, on també se'l considera fill de la vila -de fet ho era la seva segona muller-, té erigit un monument, així com plaques commemoratives a la casa del Carrer Major on residí. El 19 d'octubre del 2013 es va inaugurar un monument al general Moragues al Pla de Palau de Barcelona, al lloc històric on van penjar el cap del general.
